现在社会上对微生物肥料的看法，存在两个方面。一种看法认为它肥效高，把它当全能肥料，甚至认为可完全代替化肥；另一种看法，则认为它根本不能算作肥料，或者仅作为配肥使用。其实这两种看法都存在片面性。
1，微生物肥料与富含氮磷钾的化学肥料不同，微生物肥料是通过微生物的生命活动直接或间接地促进作物生长，抗病虫害，改善作物品质，而不仅仅以增加作物的产量为惟一标准。
2，从目前的研究和试验结果来看，微生物肥料不能完全取代化肥，不过研究证实，在同样有效产量构成的情况下，使用微生物肥料可不同程度地减少化肥使用量。
